Окраска CPK

В химии окраска CPK является популярным соглашением цветов для выделения атомов разных химических элементов в молекулярных моделях. Схема названа в честь молекулярных моделей CPK, разработанных химиками Робертом Кори и Линусом Полинином, и улучшена Уолтером Колтуном.

история
В 1952 году Кори и Полинг опубликовали описание пространственно заполняющих моделей белков и других биомолекул, которые они строили в Калтех. Их модели представляли атомы гранеными шарами из лиственных пород, окрашенные в разные яркие цвета, чтобы указать на соответствующие химические элементы. Их цветовая схема включена

Белый для водорода
Черный для углерода
Небесно-голубой для азота
Красный для кислорода
Они также построили меньшие модели, используя пластиковые шарики с одинаковой цветовой схемой.

В 1965 году Колтун запатентовал усовершенствованную версию методики моделирования Кори и Полинга. В своем патенте он упоминает следующие цвета:

Белый для водорода
Черный для углерода
Синий для азота
Красный для кислорода
Глубоко желтый для серы
Фиолетовый для фосфора
Легкий, средний, средний темный и темно-зеленый для галогенов (F, Cl, Br, I)
Серебро для металлов (Co, Fe, Ni, Cu)

Типичные задания

Типичные назначения цвета CPK включают:

водород (H) белый
углерод (C) черный
азот (N) темно-синий
кислород (O) красный
фтор (F), хлор (Cl) зеленый
бром (Br) темно-красный
йод (I) темно-фиолетовый
благородные газы (He, Ne, Ar, Xe, Kr) cyan
фосфор (P) оранжевый
сера (S) желтая
бор (B), большинство персиков переходных металлов, лосось
щелочных металлов (Li, Na, K, Rb, Cs, Fr) фиолетовый
щелочноземельные металлы (Be, Mg, Ca, Sr, Ba, Ra) темно-зеленые
титан (Ti) серый
железо (Fe) темно-оранжевый
другие элементы розовые
Некоторые цвета CPK косвенно относятся к цветам чистых элементов или заметного соединения. Например, водород — бесцветный газ, углерод в виде угля, графит или кокс — черный, обычная сера — желтая, хлор — зеленоватый газ, бром — темно-красная жидкость, йод в эфире — фиолетовый, аморфный фосфор — красный, ржавчина — темно-оранжевый-красный и т. д. Для некоторых цветов, таких как кислород и азот, вдохновение менее ясно. Возможно, красный для кислорода вдохновлен тем фактом, что кислород обычно требуется для сжигания или что кислородсодержащий химикат в крови, гемоглобин, ярко-красный, а синий для азота — тем фактом, что азот является основным компонентом атмосферы Земли, который кажется человеческим глазам как цвет голубой.

Современные варианты
В следующей таблице показаны цвета, присвоенные каждому элементу некоторыми популярными программными продуктами. Столбец C является оригинальным заданием Кори и Полинга, а K — патентом Колтуна. Колонка J — это цветовая схема, используемая молекулярным визуализатором Jmol. Колонка R представляет собой схему, используемую Расмолом; когда отображаются два цвета, второй действует для версий 2.7.3 и новее. Все цвета являются приблизительными и могут зависеть от оборудования дисплея и условий просмотра.